Tham gia vào trò chơi, game thủ sẽ gia nhập một trong ngũ đại môn phái để tiếp tục con đường hành tẩu giang hồ. Với việc giới thiệu năm môn phái, Ngũ Long Truyền Kỳ đã giúp game thủ khá nhiều trong việc tự lựa chọn cho mình môn phái thích hợp nhất trước khi game được chính thức ra mắt.
Cũng như các game kiếm hiệp nổi tiếng như Võ Lâm Truyền Kỳ hay Kiếm Thế, trong Ngũ Long Truyền Kỳ có năm môn phái chính sử dụng năm loại vũ khí, đại diện cho ngũ hành và có hệ tương sinh tương khắc lẫn nhau. Mỗi nhân vật bạn chọn sẽ tương ứng với một thuộc tính trong ngũ hành. Và quan hệ tương khắc ngũ hành ảnh hưởng sâu sắc tới thuộc tính nhân vật người chơi.
Phái Hoa Sơn – Hỏa
Thuộc mệnh Hỏa, là môn phái võ lâm trong tiểu thuyết võ hiệp trứ danh, sử dụng kiếm thành thạo. Kiếm là loại binh khí lợi hại, một lòng trung thành, coi trời là hoàng đế, coi đất là hoàng hậu. Dựa vào võ công và sức lực con người, khi chiến đấu luôn dành chiến thắng. Đặc điểm của phái Hoa Sơn là đánh tầm xa, lực tấn công cao, tuy nhiên phòng ngự lại khá thấp.
Phái Thiên Vương – Thổ
Thuộc mệnh Thổ, sử dụng vũ khí kích được cho là anh cả của giới binh khí, làm vũ khí tấn công, vô cùng mạnh, lấy thủ làm tấn công. Cùng với đó là đặc điểm vũ khí chiến đấu gần, có lực phòng ngự siêu phàm, thuộc hệ phòng ngự chiến đấu gần.
Phái Tiêu Dao – Mộc
Thuộc mệnh Mộc, nam có diện mạo lãng tử phiêu bồng, nữ lại ưu tú nhẹ nhàng như mây, đệ tử Tiêu Dao thường dùng quạt để thi triển những chiêu thức võ công lợi hại của mình. Với phái Tiêu Dao, quạt là một loại binh khí vô cùng kỳ diệu, có thể biến bại thành thắng, không thể thiếu trong những trận chiến tập thể hay chiếm thành. Tuy nhiên lực tấn công và phòng ngự thấp, có thể hồi phục sinh lực và nội lực cho bản thân nhanh và trị liệu cùng lúc nhiều người.
Phái Kim Luân – Thủy
Thuộc mệnh Thủy, sử dụng vũ khí là song hoàn, một loại vũ khí vô cùng nguy hiểm, giống như thích khách, đến đột ngột và âm thầm, trong lúc quân địch không chú ý sẽ nhanh chóng thi triển chiêu thức tất sát. Kim Luân phái có đăch điểm là đánh tầm xa, làm đối thủ bị tê liệt và trị liệu hạn chế.
Phái Đao Hoàng – Kim
Thuộc mệnh Kim, với sở trường dùng đao linh hoạt, các môn đệ phái Đao Hoàng cực kì thích hợp trong tổ đội với lối đánh cận chiến, áp sát đối phương. Với Đao Hoàng, đao là một trong những binh khí can đảm, hồn của đao là kỳ lân, chủ yếu dựa vào lòng can đảm để chiến thắng. Đặc điểm của phái là vũ khí chiến đấu gần, có năng lực công phòng mạnh, thuộc hệ tấn công gần, sinh lực cao.
