Không giống như các chế độ còn lại, chế độ Cốt Truyện đưa người chơi Crossfire Legends vào một không gian có kịch bản hẳn hoi. Bạn sẽ phải trải qua các màn chơi, đối đầu với những con boss và không hề có sự trợ giúp của đồng đội.
Luật chơi
Chế độ này có 3 mức chơi là Thường, Khó và Siêu. Cốt truyện là chế độ đòi hỏi kĩ năng cá nhân của xạ thủ. Từng màn chơi sẽ đặt ra những yêu cầu và bạn phải hoàn thành hết số yêu cầu đó để qua màn với thành tích 3 sao. Sau khi hạ gục boss của mỗi chương, bạn sẽ có cơ hội mở rương nhận những phần thưởng hấp dẫn như vũ khí hoặc đạo cụ.
Về sau thì mức độ khó của mỗi màn chơi càng tăng cao, chính vì vậy ngoài việc trang bị hỏa lực thật tốt, các xạ thủ còn phải vận động trí não của mình nhiều hơn nữa thì mới đủ sức vượt qua những con boss cực kỳ nguy hiểm và tinh ranh.